本发明涉及一种多端T接输电线路差动保护方法及系统，本发明通过选取多端T接输电线路中一端作为同步参考端，其余各端作为同步执行端，同步参考端和各同步执行端之间通信连接，同步执行端之间相互不进行通信，同步参考端进行自由采样，同步执行端计算自身采样时刻和同步参考端的采样时刻偏差，调整自身的采样时刻，完成多端采样时刻的同步；同步参考端接收所有同步执行端的采样数据并进行差动计算，满足动作条件时向同步执行端下发跳闸命令，同步执行端接收到跳闸命令并结合本端的启动条件作用于跳闸出口。本发明在多端输电线路中采用一主多从的方式，各同步执行端之间相互不需要通信，可大大减少光纤通道铺设数量。