本发明公开一种基于软件多道脉冲幅度分析器的能谱测量系统，包括辐射探头、高速采集卡和计算机，辐射探头通过高速采集卡连接计算机，辐射探头输出辐射模拟脉冲信号至高速采集卡，高速采集卡将辐射模拟脉冲信号转换为辐射数字脉冲信号发送至计算机，计算机上内置基于软件实现的能谱采集控制模块、软件多道脉冲幅度分析器和能谱显示与分析模块；能谱采集控制模块与高速采集卡连接，能谱采集控制模块用于高速采集卡的采集控制与通信管理；软件多道脉冲幅度分析器基于三点平滑算法对辐射数字脉冲信号进行平滑处理，并采用五点寻峰算法分析辐射数字脉冲信号的幅度，并输出分析结果数据至能谱显示与分析模块显示和保存，从而实现辐射能谱测量的目的。