本发明提供一种介孔硅胶纳米颗粒的制备方法，将阳离子表面活性剂和氟碳阴离子表面活性剂混合分散在水中，阳离子和阴离子表面活性剂的重量比是1:10 到20:1之间，调节溶液的pH值在6‑10之间，在30‑90℃搅拌1‑3小时；在上述的溶液中加入有机硅烷、或者含功能团的硅烷中的任意一种或者两种的混合物，继续搅拌3‑10小时；通过离心分离和洗涤的过程得到介孔硅胶纳米颗粒。采用本发明的方法制备的介孔硅胶纳米颗粒具有高度单分散、树枝状大孔结构、以及可以一锅法合成含功能团的介孔硅胶纳米颗粒等特点。所合成的介孔硅胶纳米颗粒可以进一步表面修饰应用于分离纯化、催化、生物检测和生物医疗等领域。