本发明公开了一种胃癌唾液蛋白指纹图谱分子诊断模型建立方法，包括以下步骤：样品收集；纳米磁珠预处理；样品预处理；唾液样品洗脱上样；质谱分析；数据采集；数据分析；建立诊断模型。本发明将WCX结合MALDI‑TOF‑MS蛋白质学技术在方法学上具有高通量、高敏感性、高特异性优势；分析胃癌与慢性胃炎患者唾液在蛋白质组水平上的差异，发现了23个具有显著性意义的差异蛋白质峰，建立了由4267.09、6564.85、2138.14m/z三个显著差异蛋白峰组成的鉴别诊断模型，经临床回代检验该模型的灵敏度和特异度分别达96％和86％；显示该模型对胃癌和慢性胃炎的鉴别具有较高的诊断效率。