本发明公开了一种抗氟磺胺草醚相关蛋白HB1及其编码基因与应用。本发明提供了一种蛋白，命名为HB1蛋白，是如下(a)或(b)：(a)由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质；(b)将序列表中序列1所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与氟磺胺草醚抗性相关的由序列1衍生的蛋白质。编码所述HB1蛋白的基因(HB1基因)也属于本发明的保护范围。本发明可用于培育抗氟磺胺草醚的转基因作物品种或转基因微生物，具有很高的应用价值。