本发明提供了一种磁共振化学交换饱和转移成像方法和系统，其方法包括主射频脉冲产生步骤：针对特定射频点施加一个持续第一预设时间的短时主射频饱和脉冲，以产生磁共振成像信号的对比度；图像采集步骤：基于施加的所述主射频饱和脉冲，利用分段平面回波采集方法，沿读出方向或/和相位编码方向分段采集图像数据；次射频脉冲产生步骤：在利用分段平面回波采集方法进行一次图像数据的采集之后，施加一持续第二预设时间的次射频饱和脉冲，用以保持所述磁共振成像信号的对比度。其解决了现有的磁共振化学交换饱和转移成像技术中信号灵敏度有限和成像效率低的问题。