本发明涉及一种益生菌微胶囊制剂及其制备方法，微胶囊制剂包括囊材和壁材，壁材由大豆油和Span 80组成，囊材中含有屎肠球菌和干酪乳杆菌，通过采用发酵前包被微胶囊技术，将低密度微生物细胞包裹在囊材中，继续发酵获得更高的菌体浓度和细胞活性，通过简单的分离，直接得到含有高密度屎肠球菌和干酪乳杆菌共存的双乳酸菌微胶囊制剂。本发明的有益效果为：本发明的益生菌微胶囊制剂是利用发酵前包被技术，将两种不同的乳酸菌细胞同时包被到同一微胶囊内，实现不同微生物细胞的共生；能够发挥两种乳酸菌的协同益生作用；采用发酵前包被技术，两种微生物细胞获得了再次增殖的机会，从而容易获得更高活性。