本发明分析化学领域，具体涉及一种分离测定盐酸达泊西汀及其潜在遗传毒性杂质的方法。该方法采用十八烷基硅烷键合硅胶为固定相进行固液分离，所述流动相为流动相I或流动相II，所述流动相I为乙腈的水溶液，所述流动相II为乙腈、碳酸氢铵和二乙胺的水溶液；所述潜在遗传毒性杂质包括3‑氯苯丙酮、UI‑1、SM1e和Z1b。该方法不仅能够实现盐酸达泊西汀及其潜在遗传毒性杂质的有效分离，还能够准确检查潜在遗传毒性杂质是否超过限量，专属性强，准确度高；该操作方法简单，具有简便、快速的优点，对盐酸达泊西汀的质量控制、安全性保证具有极其重要的意义。