本发明涉及一种高纯度花青素的提取方法。该方法分别以紫番茄和龙葵为原料，首先将其打碎匀浆后与pH=1的酸水混合，进行超声提取，过滤，将滤液经大孔树脂吸附并除杂，再用pH=1的酸95%乙醇进行洗脱，得到的洗脱液再经过喷雾干燥机喷雾干燥后得到高度纯化的花青素粉末。本发明解决了植物花青素提取过程中损耗较大、得率低、纯度低的缺点，得到的紫番茄花青素纯度高达54%，得率占鲜重0.48%，而龙葵花青素纯度更是高达56%，得率也高达鲜重的1.3%，弥补了国内市场销售的植物花青素纯度普遍低于24%的缺陷，同时设备操作简单易行，生产过程清洁无害，产品质量稳定，适合工业化生产。