本发明公开了一种高磷高钼复杂白钨矿的处理方法，该处理方法包括如下步骤：采用硝酸选择性浸出高磷高钼白钨矿中的含磷矿物，经过滤得到高钼白钨矿和含钼的磷酸硝酸混合溶液；在所述溶液中加入硫酸进行脱钙处理；脱钙后向溶液中再补充NH4+来制备磷钼酸铵结晶，将所述磷钼酸铵结晶经氨溶‑净化‑酸沉工序来制备四钼酸铵；将结晶母液经中和‑真空蒸发‑造粒干燥工序制备硝酸磷肥；采用硝酸强化浸出脱磷处理后的高钼白钨矿，将经过滤得到的钨酸经氨水溶解转型‑净化除杂后制备仲钨酸铵；在浸出液中补入硝酸返回高磷高钼白钨矿的脱磷工序。本发明能够处理高磷高钼复杂白钨矿，实现了矿物中的钨、钼和磷的综合回收，处理设备简单，操作方便，易于实现工业化。