本发明公开了一种角膜自动定位系统及方法，涉及医疗器械领域。用以提高角膜定位中的准确性，降低劳动量。包括：械臂组件，图像识别系统，与图像识别系统相对设置的背景组件，与图像识别系统连接的计算定位系统，主控制系统以及与主控制系统连接的机械控制系统；机械控制系统与机械臂组件电连接，用于控制机械臂组件将装有角膜的角膜包装体移至图像识别系统和背景组件之间；主控制系统分别与图像识别系统以及计算定位系统电连接，用于控制图像识别系统和计算定位系统，获取角膜包装体在背景光的作用下形成的图像；以及，对图像识别系统获取的图像进行分析计算，获取角膜的位置信息。本发明实施例的角膜自动定位系统应用于角膜定位中。