本发明涉及微生物发酵，特别是指一种裂壶藻与寇氏隐甲藻混合发酵的方法。将寇氏隐甲藻接种到含有碳源、氮源以及必要营养元素的培养基中发酵制成发酵液；当寇氏隐甲藻进入对数生长期时，将裂壶藻接种到步骤A的发酵液中进行混合发酵；寇氏隐甲藻为可积累多不饱和脂肪酸的寇氏隐甲藻藻种，属于寇氏隐甲藻属，裂壶藻是可积累多不饱和脂肪酸且其中棕榈酸质量百分含量不低于30％的裂壶藻藻种。本发明解决了现有寇氏隐甲藻及裂壶藻单独发酵均存在不同程度的技术缺陷、后续处理复杂、生产成本高等问题，具有工艺周期短、生产成本低、所制备的产品不需要复杂的后续处理即可符合相关标准的要求、油脂的品质高等优点。