本公开描述了用于纯化富含蛋白质的提取物以提供浓缩物和分离物的方法以及用于将这些材料并入到产品中的方法。所述纯化方法适用于从提取物中去除灰分、金属盐、生物碱、微粒、重金属、以及其它杂质和/或污染物中的一种或多种以及改变提取物的感官特征(例如气味、颜色和/或味道特征)。所述方法一般包括渗滤、使用官能化的树脂处理以及超临界提取。提供了一种呈浓缩物或分离物形式的蛋白质组合物，所述蛋白质组合物包括从烟草属(Nicotiana)种植物中提取的RuBisCO、F2级分蛋白或其组合，其中所述蛋白质组合物的特征在于以下各项中的一种或多种：少于约15重量％的灰分含量；少于约10μg/g的尼古丁含量；以及少于约60μg/g的重金属含量。