基板处理系统(1)包括处理站(3)和输入输出站(2)。所述处理站(3)具有：磨削装置(30、31)，其用于对基板的背面进行磨削；损伤层去除装置(32)，其用于将由于所述磨削装置(30、31)进行磨削而形成于基板的背面的损伤层去除；清洗装置(33)，其用于在利用所述损伤层去除装置(32)将所述损伤层去除之后对支承基板的背面进行清洗；以及基板输送区域(50)，其用于相对于各装置输送基板。各装置分别能够在铅垂方向或水平方向上配置有多个。各装置分别具有用于在内部容纳基板的壳体(30a、31a、32a、33a、200a、201a、202a)，各装置用于分别独立地在所述壳体内对基板进行规定的处理。