一种微电网频率控制方法和系统，其方法包括：获取逆变电源网侧LC滤波器的输出电压、输出电流、滤波电感电流的d轴和q轴分量；结合输出电压、输出电流的d轴和q轴分量获取LC滤波器的输出无功功率、输出有功功率、输出电压幅值；将输出无功功率、输出电压幅值作为虚拟励磁控制器的输入获得虚拟励磁电势；将虚拟同步发电机控制器的输出角频率输入频率控制器得到有功功率增量；将输出有功功率、虚拟励磁电势、有功功率增量以及滤波电感电流的d轴和q轴分量作为虚拟同步发电机控制器的输入量，获得逆变器输出电压的d轴和q轴参考指令值和输出角频率。本发明方案能够有效抑制负载扰动引起的微电网频率变化，有利于孤岛微电网的稳定运行。