本发明公开了一种杀菌组合物及其应用，涉及农药复配技术领域。本发明所述杀菌组合物的有效成分为丙硫菌唑与申嗪霉素，其中，丙硫菌唑与申嗪霉素的重量比为1：30～30：1。丙硫菌唑与申嗪霉素复配具有明显的增效作用，可以有效降低各单剂的施用量，对扩大杀菌谱和延缓植物抗药性有较好的作用，还能延长持效期，具有明显的推广价值。该组合物可以添加其它农药中允许使用的辅助成分加工成任一剂型。该杀菌组合物能有效防治水稻纹枯病、稻瘟病、稻曲病、小麦锈病、白粉病等。