本发明涉及一种对膜生物反应器的膜性能进行预警的方法，包括：在设定的时间段内采集膜生物反应器工作时的多个膜通量和多个跨膜压差值；根据该膜生物反应器的膜工艺运行规律，选取采集的多个适当膜通量和多个适当跨膜压差值分别建立其随时间变化的二维表，并绘制历史数据曲线，分别拟合膜通量和跨膜压差值随时间变化的曲线；并将该拟合曲线按照变化趋势延伸，根据预先设定的第一条件，计算得到该膜生物反应器的膜性能在将来某时刻可能受损的时间点；同时得到膜生物反应器在未来某时刻的膜通量和跨膜压差值，将该膜通量和跨膜压差值与预先设定的第二条件进行比较，判断该时刻的膜性能。本发明实现对膜性能的长期监控，同时对膜性能受损点进行预测。