本发明公开了大束流电子束打靶微束斑X射线源的聚焦装置及其使用方法，包括聚光镜模块、过渡段模块、可动光阑模块、物镜模块和电子束通道；电子枪发射出的电子束经过聚光镜模块，在由聚光镜模块形成的磁场作用下，形成平行束；经过过渡段模块后，通过移动可动光阑，选择可动光阑上合适的通光孔调节靶面电子束的入射角，改变靶平面处的束流大小和束斑尺寸。该聚焦装置的使用方法，包括步骤一、设置初始条件和性能指标；步骤二、设置物镜模块参数；步骤三、设置聚光镜模块的参数，实现平行工作模式；步骤四、实现电子束束流间的快速切换，在靶面处形成大束流微束斑；优点在于：采用平行模式，无电子束交叉点，降低了电子间库仑力效应。