本发明涉及一种接入小水电的配网继电保护系统，其包括PC机、通用微控制器、函数库、继电保护算法库，PC机分别与微控制器、函数库、继电保护算法库连接；函数库用于存储不同微控制器内嵌硬件的函数，继电保护算法库用于存储满足不同类型的硬件平台的保护算法；PC机用于接收选择指令，根据选择指令从函数库选择与进行接入小水电的配网继电保护相关的测量、控制、或者通信相关的函数，从继电保护算法库选择保护算法，得到设置数据，将设置数据传输给通用微控制器；通用微控制器植入设置数据，进行接入小水电的配网继电保护相关的测量、控制、或者通信。采用本发明的方案，可以适用于不同的微控制器和不同的外围硬件结构，节约人力、物力成本。