本发明涉及一种分层分布式交直流协调控制系统和控制方法。所述系统包括交直流子站，采集交流输电线路和直流输电系统运行状态信息并传送至协控主站，接受所述协控主站下发的协控指令；协控主站，计算直流需调总量，对所述直流子站进行功率分配，下发至需要调控的所述直流子站，上传直流可调总量、运行方式及对应策略表信息至协控总站；协控总站，收集协控主站上传的信息，并接受调度中心和在线应用指令，切换协控主站中协控算法的当前策略、启动或退出协控功能。本发明提供的技术方案对交直流并列运行电网进行协调控制，以提高系统安全稳定特性。