本发明涉及一种河道生物孵化床生态治理系统，包括河道和节流水坝，节流水坝将河道分隔成上游段和下游段，节流水坝上设有溢水口，还包括复氧区、生物孵化床、生物水解渠以及污水排放区，复氧区对应溢水口设置在下游段，复氧区内设有复氧设施，污水排放区的出口与生物水解渠的入口连通，生物水解渠的出口连通至复氧区，复氧区的出口与生物孵化床的入口连通，生物孵化床的出口与下游段连通。采用本发明的技术方案能够丰富河道内微生物群落、改善河道内生物体系、健全河道生态食物链，同时本发明的河道生物孵化床生态治理系统修复能力强、耗能低、管理简单、可控性强，能高效降解水体污染因子。