本发明公开了一种海岸水库室内脱盐阻咸的实验模拟系统及其模拟方法，该模拟系统包括淡水箱、平板水槽、盐水箱、降雨系统、蒸发系统、潮波生成器、潜水泵、模拟海岸水库和测压孔，所述平板水槽沿长度方向依次设置为淡水区、泥沙区和盐水区，淡水区与淡水箱连通，盐水箱与盐水区之间设有潮波生成器，盐水箱通过潜水泵与盐水区连接用于调整盐水区的盐度；所述降雨系统和蒸发系统位于泥沙区上方，在平板水槽背面不同深度设有若干排用以实时监测水槽不同位置压力变化的测压孔，测压孔与测压管连通。本发明能够在综合考虑复杂动力作用下对海岸水库脱盐/淡化和海水入侵进行实验探究，为海岸水库的建设、运行及管理提供科学指导。