本发明提供一种畜禽粪污与秸秆耦合还田方法，将畜禽粪尿中加入纤维素酶、蛋白酶、脂肪酶、酵母菌、除味菌等发酵菌，缩短粪污发酵时间，将畜禽粪污作为秸秆分解菌生产、繁殖、施用的载体，发酵后分解菌数量增加8‑20倍，在蛋白酶、脂肪酶的作用下，粪污发酵过程无臭味排出。将畜禽粪污还田与秸秆机械粉碎还田有机结合起来，畜禽粪污作为作物秸秆促进剂，在粪污中混合菌的作用下，加速秸秆的腐烂。与单一秸秆机械粉碎还田方法相比，明显缩短秸秆腐烂时间,解决秸秆还田不易腐烂，播种时影响种子出苗问题；能明显改善土壤中团粒结构，提高土壤中有机质、氮、磷、钾含量。与秸秆粉碎堆沤发酵回田方法相比，方法简单，简化了施用环节，更易于操作，节约大量的人力物力。