本发明提供了一种永磁直驱风力发电机组轴系装配系统，包括相互垂直交叉设置的第一导轨和第二导轨、转轴移动平台、轴承移动平台、定轴移动平台，轴承加热装置以及定轴加热装置；转轴移动平台设置在第一导轨上，所述轴承移动平台(6)和所述定轴移动平台(8)设置在所述第二导轨(11)上，所述轴承加热装置(7)和所述定轴加热装置(9)架设在所述第二导轨(11)上，转轴移动平台具有装配空间，该装配空间能够让载有待装配的轴承的轴承移动平台和载有待装配的定轴的定轴移动平台通过。本发明具有设计合理，能够节约人力资源，提高工作效率，减少安全隐患，并能够实现轴系的机械化装配的优点。