本发明公开了一种超级电容单体主动均衡系统，包括电压采样电路、主动均衡电路和告警电路，电压采样电路用于实时监控单体电压，主动均衡电路基于电压采样电路的输出来决定是否开启工作，单体过压时电压采样电路的输出端驱动主动均衡电路开启工作，对单体进行放电，同时告警电路通过光耦副边的两端口断开来表示电压异常；单体欠压或开路时，主动均衡电路不开启工作，告警电路通过光耦副边的断开来表示电压异常。本发明具有电路设计简单、性能稳定可靠、成本低、功能齐全的优点。