本发明属于计算机应用技术与生产制造的交叉领域，通过自然计算技术优化多目标柔性作业车间调度问题。提出了一种协同混合人工鱼群算法用于求解多目标柔性作业车间调度问题，其特征是设计了带有分布估计属性的觅食行为和人工鱼吸引行为对人工鱼群模型进行改进；将协同思想引入到模型中，通过鱼群的多种群协同进行全局搜索，并与模拟退火算法协同以增强算法局部搜索能力；针对多目标问题设计了改进的ε‑Pareto支配策略对个体的适用度值进行评价。本发明的效果和益处是能够克服人工鱼群算法在搜索过程中存在的后期收敛慢、局部寻优能力差等问题，并通过协同优化求得质量和分散性较好的非劣解集。