本发明公开了一种小麦富硒锌铁微生物发酵肥料及其制备方法和应用，该微生物发酵肥料以重量份计，包括以下组分：亚硒酸盐0.0005～0.001份；锌盐0.2～0.3份；亚铁盐0.35～0.5份；稻壳30～45份；鸡粪35～50份；菌糠20～30份；菜粕2.5～3.5份；棉粕4～6份；豆粕2.5～3.5份；发酵剂0.005～0.01份。本发明提供的小麦富硒锌铁微生物发酵肥料将无机硒、锌、铁盐与动植物废料以及富含多种微生物的发酵剂结合，进行堆置发酵，促进小麦的生长，显著提高了小麦的产量以及小麦籽粒中硒、锌、铁元素的含量。