本发明公开了一种甜瓜低化瓜率种质的筛选方法，是采用检测甜瓜CmEFs基因的PCR引物对，对甜瓜CmEFs的RNA水平进行检测，提取甜瓜幼嫩叶片组织的RNA，并反转录为cDNA作为检测样品，运用实时荧光PCR方法进行检测，得出CmEFs的表达水平，作为判断甜瓜低化瓜率的判断依据。本发明的有益效果为：采用上述引物对甜瓜CmEFs的RNA水平进行检测，提取甜瓜幼嫩叶片组织的RNA，并反转录为cDNA作为检测样品，运用实时荧光PCR方法进行检测，得出CmEFs的表达水平，作为判断甜瓜低化瓜率的判断依据，统计学数据表明，本方法具有良好的特异性和实用性，可有效提高甜瓜种质选择的效率。