本发明涉及一种水稻苗期耐盐基因qST11及其分子标记方法，属于水稻抗逆育种和分子遗传学领域，其特征在于利用中广香1号与IR75862构建的BC1F10导入系群体及导入系互交衍生的F2群体，通过单标记分析，定位在水稻基因组第11染色体存在一个与水稻苗期耐盐性相关的一个基因位点qST11，并获得与之紧密连锁的基于PCR扩增的实用经济型标记RM332。将本发明应用于水稻苗期耐盐性的辅助选择育种和聚合育种，能够有效的弥补以往缺乏耐盐基因的不足，可以在苗期对低世代的育种群体进行基因型选择，获得耐盐个体，便于及时的杂交转育，降低耐盐鉴定过程中表型鉴定的误差，提高育种效率，加快育种进程。