本发明公开了一种冻干机双行进料的进料系统，包括传送带以及与所述传送带相对接的推杆轨道，所述传送带包括两条并列运行的第一传送带和第二传送带，所述第一传送带与所述推杆轨道的对接处设置有第一星形轮，所述第二传送带与推杆轨道的对接处设置有第二星形轮，所述第一星形轮和第二星形轮相对设置，第一传送带和第二传送带上的小瓶在第一星形轮和第二星形轮的旋转下依个传送至所述推杆轨道上。本发明还公开了一种冻干机双行进料的进料方法，通过双星形轮的旋转计数，以及推杆旋转偏置，使得双行小瓶完成排列后推入至板层或缓冲区域。本发明的进料系统及方法极大提高了进料速度、并且具有多层剔除倒瓶的措施。