本发明涉及一种智能变电站虚端子关联配置正确性的校核方法及装置。所述方法包括步骤：根据智能变电站的SSD文件获取智能变电站一次设备及拓扑关系；根据SSD文件获取一次设备对应的二次设备的二次功能配置；根据一次设备及拓扑关系、以及一次设备对应的二次功能配置，得到智能变电站二次设备各二次功能之间的逻辑连接关系；根据预设规则检查逻辑连接关系中虚端子两端IED/LD/LN关联配置的正确性。本发明可以快速有效检查因虚端子关联配置错误而造成的二次虚回路逻辑连接的错误；避免了因虚端子关联配置错误造成的误动，降低了智能变电站改扩建调试过程中对在运行设备误操作的风险，保证了智能变电站的安全生产以及可靠运行。