本发明公开了一种基于nios II的服务器系统不同分区的时序控制方法，其具体实现过程为：通过Avalon总线，实现对外围时序模块、I2C总线模块、SDRAM模块、片外flash存储模块等电路的控制。分区模式侦测模块实时侦测系统的分区模式，然后发送分区模式信号到CPU模块。CPU模块根据分区模式，产生控制信号发送到时序模块，并通过I2C模块与管理电路进行通信，反馈分区模式及时序信息。时序模块根据CPU模块发送的控制信号进行不同的子时序模块的选择。该一种基于nios II的服务器系统不同分区的时序控制方法与现有技术相比，能够自动侦测分区模式进行相应的时序控制，并实现了Multi‑PCH的时序控制方式，为多路的分区配置提供了灵活的方式。