本发明涉及一种无菌灌装机，包括罩在机架（15）上的百级密封超净台，安装在机架顶部平面上且相互平行设置的上料输送带（1）和下料输送带（14），上料输送带（1）与下料输送带（14）之间的生产线上安装有带有气缸感应器的压塞下压气缸（13）和密封罩下压气缸（12），压塞下压气缸（13）处于密封罩内部；所述密封罩下压气缸（12）带动密封罩上下运动，机架顶部的切膜横向推动气缸的活塞杆端部安装有切膜下压气缸（5），在切膜横向推动气缸（4）上设置有通过软管与蠕动泵（11）连接的灌装口，所述灌装口与所述生产线上的载具（16）相互对应。该灌装机的顶部安装有百级超净台，可对被罐装的瓶子逐个进行包裹且可对每个瓶装体进行逐个抽真空。