本发明涉及变电站自动电压控制中基于拓扑着色实时自动生成控制单元的方法，属于电力系统自动电压控制技术领域。包括：消去变电站内的变压器绕组和所有断开的隔离开关、断路器，对变电站其余结构进行拓扑着色分析；根据变压器高、中压侧绕组的连接端点所在的拓扑岛，确定变压器高压侧、中压侧连接的逻辑母线，并根据变压器和逻辑母线关系创建新的控制单元，或把变压器加入已有控制单元；根据变压器低压侧绕组连接端点所在的拓扑岛确定其连接的低压逻辑母线，并将低压逻辑母线加入控制单元；通过站内的各无功补偿设备连接端点所在的拓扑岛确定其连接的逻辑母线，并将无功补偿设备加入到控制单元。本发明方法能够快速、正确形成变电站控制单元。