本发明公开了一株苹果根际自毒物质降解菌及其应用，该菌株分类命名为生脂固氮螺菌(Azospirillum lipoferum)BL2，保藏单位：中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(CGMCC)，地址：北京市朝阳区北辰西路1号院3号，保藏日期：2014年8月28日，保藏编号：CGMCC No.9619。本发明菌株在液体摇瓶培养的情况下，对根皮苷、对羟基苯甲酸、邻苯二甲酸、焦性没食子酸均具有很好的降解效果。液体摇床培养3天，紫外分光光度计法测定结果显示：降解率分别为，根皮苷36％、对羟基苯甲酸34％、邻苯二甲酸31％、焦性没食子酸65％。表明，BL2菌株对四种自毒物质均具有很好的降解效果，对缓解自毒物质引起的连作障碍具有潜在的应用价值。