一种基板处理系统，具有：第1处理单元，对以速度V1搬送的基板连续地实施第1处理；以及第2处理单元，以速度V2搬送由第1处理单元处理后的基板，对基板连续地实施第2处理，在根据第1、第2处理单元各自的性能，能够将速度的关系设定成V1＞V2的情况下，设置多个第2处理单元，且还具有切断机构和选择投入机构，在根据第1、第2处理单元各自的性能，能够将速度的关系设定成V1＜V2的情况下，设置多个第1处理单元，且还具有将由多个第1处理单元实施第1处理的多个基板，依次接合并投入至第2处理单元的接合机构。