酶促合成咖啡酸甲酯的方法，制备步骤为：采用离子液体为反应介质，以脂肪酶为催化剂，由咖啡酸和甲醇在反应介质中通过升温震荡和超声辐射2种反应条件制得。所述的咖啡酸在甲醇中的浓度为0.1～80g/L，咖啡酸在离子液体中的浓度为0.05～10g/L，反应温度为30～90℃，反应时间为0.1～60h，脂肪酶的用量为10～200g/L。该方法反应条件温和，对环境友好，克服了传统的以有机溶剂为反应介质底物溶解度较低的缺点，易于生产得率较高的咖啡酸甲酯。