本发明公开一种可配置的虚拟机启动完整性维护的方法及系统，通过将存储的度量基准值与实时度量值进行比较，扫描识别出实时系统程序/文件和实时用户指定程序/文件中存在的缺陷，根据在先备份的原始系统程序/文件和原始用户指定程序/文件对其缺陷进行修补，最终达到虚拟机安全启动，进而使虚拟机安全运行。采用本发明实施例所述的可配置的虚拟机启动完整性维护的方法使虚拟机管理器不仅能够对重要程序/文件进行备份、检测和恢复，保证虚拟机启动过程的可靠性和安全性，而且通过扫描识别用户的配置信息，增强了虚拟机启动完整性管理的可维护性和可扩展性。