本发明公开了一种去除碳纳米管中金属杂质的方法，包括：取碳纳米管，加入非氧化性酸溶液配置成碳纳米管酸溶液；将所述碳纳米管酸溶液搅拌混合均匀后，放入研磨机中研磨；将研磨后的碳纳米管溶液倒入搅拌釜中搅拌，然后将所述碳纳米管溶液倒出用压滤机除去废液，制得碳纳米管滤饼；将所述碳纳米管滤饼重新放入所述搅拌釜中，加入去离子水搅拌清洗溶液中的金属离子，至所述滤液为中性；将所述碳纳米管滤饼烘干并粉碎制得高纯度的碳纳米管。本发明所述去除碳纳米管中金属杂质的方法，特点是：纯化后的碳纳米管保持原有长度及结构，具有优异导电性能；通过该方法可将碳纳米管金属杂质含量从20％下降到2％以内；效率高，操作简单，可实现工业化生产。