本发明公开了一种水电厂监控系统调试方法及调试系统，在电厂侧建立一套虚拟电厂上位机系统，该上位机系统用于模拟电厂侧监控系统；并将电厂侧监控上位机平台整体移植到虚拟电厂上位机系统中；搭建临时调试网络，虚拟电厂上位机系统与集控侧监控系统连接，并确保与现有运行系统的隔离；虚拟电厂上位机系统对电厂侧现地LCU进行单台试验及整体试验；在整体试验全部完成后，申请整站全停，将已完成试验的虚拟电厂上位机系统平台，再整体搬迁回电厂侧监控系统，取消虚拟电厂上位机系统的控制，实现集控侧监控系统与电厂侧监控系统的实际连接，并验证二者数据库的一致性及设备控指令的准确性。本发明风险小、影响小、效率高、试验全。