一种环境保护技术领域的耐受重金属的好氧反硝化菌株及其应用，该菌株为短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)SNR‐3，保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心(简称CGMCC)，保藏编号为CGMCC NO.7126，本发明能够耐受Cd2+、Cu2+等重金属，并能在上述重金属存在的条件下进行好氧反硝化作用，有效去除水体中的硝态氮和亚硝态氮，并吸附相应的重金属。该菌株培养条件粗放，操作方便简单，处理成本低，对重金属污染的含氮废水的高效净化具有重要意义。