本发明公开了利用miRNA399j基因预报水稻白叶枯病的方法，属于生物技术领域。所述方法包括以下步骤：选取待测水稻和对照水稻，选取的所述对照水稻为未感染白叶枯病但与待测水稻在相同条件下栽培的水稻；分别分离所述待测水稻和所述对照水稻中的总miRNA基因；分别检测所述待测水稻和所述对照水稻中的总miRNA基因中的miRNA399j基因的表达量，所述miRNA399j基因的序列如序列表中SEQ ID NO:1所示；根据所述待测水稻和所述对照水稻中的miRNA399j基因的表达量，判断实验是否成功，若成功，进一步判定所述待测植株是否感染白叶枯病。本发明提供的预测方法获得了成功，可以在水稻白叶枯病症出现前数天实现准确预报，为早防早治赢得了时间，减少了白叶枯病对水稻造成的损失。