本发明公开了一种快速高效短程硝化的启动方法，该方法为：将富含硝化细菌的接种污泥导入SBR反应器中；将污水导入SBR反应器使反应器内污泥的浓度为2500~3500mg/L，控制污水温度30±1℃、pH7.9~8.2；启动反应器的曝气设施使溶解氧浓度为0.8～1.2mg/L；曝气时间为1.5~2.5h；停止曝气，开启搅拌使泥水混匀，搅拌0.5~1.5h；重复1～5次曝气和搅拌操作；然后静置使固液分离；排出上清液即可。本发明以间歇曝气方式进行短程硝化，相比于传统的连续曝气，能更好地促进AOB的生长，抑制硝化反应，并可以有效降低反应装置的能耗，可实现对低氨氮含量的生活污水的短程硝化的启动。