本发明公开了一种基于短数据窗的输电线路正序电流分相差动保护方法。它首先将输电线路两端各采样时刻的三相电流瞬时值转换到αβ0坐标轴下输电线路两端各采样时刻的电流瞬时值，计算αβ0坐标轴下输电线路两端各采样时刻的正序电流瞬时值，对αβ0坐标轴下输电线路两端各采样时刻的正序电流瞬时值进行坐标轴反变换得到输电线路两端各采样时刻的三相正序电流瞬时值，然后利用输电线路两端各采样时刻的三相正序电流瞬时值构成正序电流分相差动保护判据。本发明方法算法原理简单，程序实现容易，运算量少，计算速度快，可极大提高继电保护动作速度。具有选相功能，动作性能不受过渡电阻和负荷电流影响，适用于完成故障后整个故障过程的输电线路主保护功能。