本发明公开了一种地下核电站放射性废水地下迁移防护系统，其特征在于：包括反应堆洞室防护层和具有阻隔天然岩体地下水作用的核岛外围总防护，所述反应堆防护层包括围绕反应堆洞室的具有防止内水外渗的内衬层、具有集中疏水功能的渗水集中疏排层和岩体裂隙充填层，所述外围总防护设置在反应堆洞室和辅助洞室共同组成的地下洞室群外围。针对地下核电站在严重事故下放射性废水地下迁移的特点，重点对反应堆洞室进行防护，防止大规模放射性物质迁移的可能性，以符合国家核安全相关标准。