本发明公开了一种基于近红外光谱的脑功能连接检测方法及系统，利用近红外光谱采集时间序列函数的血氧参数，将函数导入小波相干和小波相位相干分析软件进行时频域转换，同时算出不同特征频率的脑氧参数小波相干系数和小波相位相干系数，然后输入到基于偏最小二乘法建立的脑功能连接检测模型，对测试者的脑功能连接特性给出检测结果。本发明同时监测左右前额叶脑血氧信号，方法简单方便。监测时只需将光电传感器置于实验者左右前额叶部位，即可通过近红外光谱法实时监测到实验者脑氧参数，抗干扰性强。监测指标灵敏度及可靠性高。