本发明公开了一种可编程序控制器运行中程序无扰动重构的方法，其中可编程序控制器的控制程序包含数据符号表、初始化数据表、程序代码和数据搬移表；该程序无扰动重构方法通过对比可编程序控制器控制程序重构前后的数据符号表，生成重构的数据搬移表，根据重构的数据搬移表从当前控制程序的运行内存区域中将源地址处的数据复制至重构的控制程序的运行内存区域中目的地址处，完成数据覆盖，从而实现控制程序重构。由具备本发明运行中程序无扰动重构功能的可编程控制器构成的控制系统具备更高的可用性，可以在被控设备在不停机的情况下无扰动实现控制程序的更新，减少停机风险和停机带来的经济损失。