本发明涉及一株蝙蝠弧菌（Vampirovibrio sp.）fjfst-2013001，已于2013年12月8日在中国典型培养物保藏中心登记保藏，其保藏编号为CCTCC M 2013638，以及用该菌株发酵制备琼胶酶的方法。本发明以该菌株作为菌种，采用碳源、氮源、无机盐组成的发酵培养基，在优化后的培养条件下，琼胶酶的活力达到4.17U/ml。发酵液通过硫酸铵进行盐析，离心收集沉淀，后进行透析，取透析液过离子交换柱及凝胶柱，冷冻干燥即可获得琼胶酶干粉。