本发明公开了一种烟梗、碎片在线自动包装系统，包括相互并排的碎片处理装置和烟梗处理包装装置；所述碎片处理装置包括沿碎片物料传送方向排列的喂料机、碎烟片复烤机、振动筛分机和自动称重柜；所述烟梗处理包装装置包括沿烟梗物料传送方向排列的长短梗分选振筛、振动填料辊道、复称装置、开合模梗碎叶打包机和出箱装置；所述碎片处理装置的自动称重柜内通过链式提升机与所述烟梗处理包装装置的开合模梗碎叶打包机相连接。通过碎片处理装置和烟梗处理包装装置同时进行，在柜式称重系统快速出料由提升皮带机送入梗、碎叶打包机套箱内准备好的纸箱中，分多次进料，由开合模梗碎叶打包机压实完成装箱。