一种基于特征空间的双核多向偏最小二乘的发酵过程质量预测方法，既属于生物发酵领域，又属于信息科学领域，具体涉及在发酵过程中用于预测在线测量中难以及时取得的质量变量。具体步骤包括：获取训练数据，将数据展开并进行标准化，对标准化的测量数据和质量数据进行核空间中的特征提取，以提取后的特征空间为基进行高维投影，建立偏最小二乘模型，采集实时数据预测质量数据在高维空间中的投影，将高维空间中的质量数据处理为真实的预测值。本发明达到了降低整体模型非线性度，提高模型的预测精度的能力,对实现发酵过程的质量预测、控制和优化控制有重要意义。